La commune de Genouillé est située sur l’ancien rivage du golfe santonique, entre les presqu’îles de Nolon et Lillard. Eperon facile à défendre, le site de la « Vigne des Agers » est habité dés le néolithique.
A l’époque gauloise, la mer occupe l’emplacement des actuels marais.
A l’époque gallo-romaine, le bourg est traversé par la voie antique reliant Tonnay-Boutonne à Muron, dont le tracé est repris par la départementale actuelle.
Au Moyen-Age, la seigneurie de Genouillé se situe au lieu-dit le Bois-Rousset : le château se trouve alors face au fief du Bois-Rousset : il en résulte une rivalité qui mène à la destruction des 2 édifices. Ils sont rebâtis au XVème siècle à une plus grande distance l’un de l’autre, celui du nord au « Fief » et celui du sud contre l’église. Le fief est occupé par le vice amiral de France mort en 1782, le comte Morel d’Aubigny.
Origine du nom
Plusieurs interprétations sont possible :
- Viendrait du celte gennas ensuite latinisé pour devenir gennulius terme qui désignerait une villa gallo-romaine
- Genoulf formé
- Du latin geno = lignée
- Et du germanique wulf = loup
- D’après Lesson du latin geniculata = noueuse, le plus vraisemblable, geniculus donné à l’endroit où la voie romaine, débouchant du marais par Naulon, formait un angle très prononcé, sorte de « genou », pour monter à la Barre et à Muron.